COINCIDENCE · COMPATIBLE SUBSET · RNA FOLDING

จากชุดย่อยของ Helix
สู่ภาษา Dot-bracket

ทุก helix ที่เลือกจะมอบคู่ตำแหน่งให้โครงสร้าง: base ฝั่งซ้ายเป็น “(” ฝั่งขวาเป็น “)” และตำแหน่งที่ไม่จับคู่คงเป็น “.”

PRIMARY STRUCTURE

ลำดับ RNA

0 nt

SECONDARY STRUCTURE

Sequence เทียบกับ Dot-bracket

———
RNA—
DBN—
คะแนนโครงสร้างแบบ proxy—ต่ำกว่าดีกว่า · ยังไม่ใช่ INN-HB

SUBSET → PAIRS → SYMBOLS

Subset เปลี่ยนเป็น Dot-bracket อย่างไร

  1. 1เลือก helices ที่เข้ากันได้
  2. 2ขยาย (start, end, length) เป็น (start+k, end−k)
  3. 3เขียน “(” ฝั่งซ้าย “)” ฝั่งขวา และคงตำแหน่งอื่นเป็นจุด
selected = [(6,15,3)]
pairs    = [(6,15),(7,14),(8,13)]

.....(((....)))...

SELECTED PHENOTYPE

Helices ที่ใช้ในโครงสร้างนี้

REPRESENTATION

Selection ใน permutation

SARNA decode full priority permutation ส่วน Partition COIN ทำ selected | unselected ให้ชัด

NEXT STEP

ทำซ้ำก่อนต่อยอด

ขั้นต่อไป: helix generator และ INN-HB ตาม paper, พิสูจน์ reference/Numba แล้วเทียบ SARNA–GA–COIN อย่างเป็นธรรม